Процесс очистки в установках ТОПАС-С5 состоит из нескольких этапов. Основную работу выполняет активный ил, за счёт биологического окисления поступивших в камеру стоков. Обслуживание установки ТОПАС-С5 обходится достаточно дёшево за счёт экономичных технологических решений (энергоэффективные насосы, современная система управления и пр.).